响水凹

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====== OpenMPI并行环境的模拟 ======

[[http://www.open-mpi.org|OpenMPI]]是MPI的一个开源实现，MPI是Message Passing Interface（消息传递接口）的缩写，是一个得到广泛支持的并行标准库。本文讲述用几台虚拟机来搭建一个OpenMPI并行计算环境的过程。

===== 测试环境 =====

并行集群的结点数一般是2的n次方，这里先使用4台虚拟机来搭建（后期可以扩展），第一个结点兼做控制结点。系统均使用[[http://www.slackware.com|slackware64 14.0]]，软件都是完全安装，只启用ssh服务，保证一个纯粹的平台。

机器网络配置如下：
^  域名  ^  IP地址  ^
|  slk-op1.example.org  |  192.168.176.81/24  |
|  slk-op2.example.org  |  192.168.176.82/24  |
|  slk-op3.example.org  |  192.168.176.83/24  |
|  slk-op4.example.org  |  192.168.176.84/24  |

===== 初始安装 =====

集群规模很小，故暂不采用NFS等网络集中管理方案，下面这些操作在每台机器上都要做。

==== 安装OpenMPI ====

这里使用[[http://slackbuilds.org|SlackBuilds.org]]提供的脚本来编译OpenMPI，以生成二进制安装包，这样就只需在一台机器上编译，其他机器可以获得生成的安装包，直接安装。

解开脚本：
<code bash>
tar xzvf openmpi.tar.gz
</code>

将OpenMPI的源代码包放在脚本目录下，进行编译打包：
<code bash>
cd openmpi/
cp ~/downloads/openmpi-1.4.2.tar.bz2 .
./openmpi.SlackBuild
</code>

安装（生成的安装包在/tmp下）：
<code bash>
cd /tmp
installpkg openmpi-1.4.2-x86_64-1_SBo.tgz
</code>

其他机器获得openmpi-1.4.2-x86_64-1_SBo.tgz后，执行installpkg安装即可。

==== 添加用户 ====

我们新建一个普通账户openmpi，而不是直接用root：
<code bash>
useradd -m -s /bin/bash openmpi
</code>

==== 配置域名解析 ====

由于网络规模很小，故暂不采用集中的DNS域名解析机制，直接编辑/etc/hosts文件，添加其余所有节点的IP信息。

比如slk-op1的内容如下：
<code>
127.0.0.1               localhost
192.168.176.81          slk-op1.example.org slk-op1
192.168.176.82          slk-op2.example.org slk-op2
192.168.176.83          slk-op3.example.org slk-op3
192.168.176.84          slk-op4.example.org slk-op4
</code>

===== 集群配置 =====

接下来的操作只在控制结点，即slk-op1上进行。

==== ssh登录配置 ====

配置ssh，让控制结点（slk-op1）能采用无密码的方式ssh登录到其他结点。

首先生成一对密钥：
<code bash>
ssh-keygen
</code>

接下来把密钥中的公钥附加到要登录节点的.ssh/authorized_keys文件里，通过ssh-copy-id命令完成：
<code bash>
ssh-copy-id slk-op2
ssh-copy-id slk-op3
ssh-copy-id slk-op4
</code>

进行一次登录测试，确保可以无交互的登录：
<code bash>
ssh slk-op2
ssh slk-op3
ssh slk-op4
</code>

==== hostfile配置文件 ====

要在集群的多个结点上运行任务，需要一个包含各结点信息的配置文件，运行时通过命令行参数-hostfile指定。文件内容很简单，每个结点一行：
<code>
slk-op1
slk-op2
slk-op3
slk-op4
</code>

如果想让某个结点运行不止一个process，可用slots属性指定（缺省为１），如：
<code>
slk-op1 slots=1
slk-op2 slots=2
slk-op3 slots=3
slk-op4 slots=4
</code>

===== 集群测试 =====

==== 初始测试 ====

配置完毕，先运行hostname程序来验证集群是否能正常工作。hostname是一个显示或设置系统主机名的命令，根据执行结果可以判断程序是否真的在多个结点上运行：
<code>
openmpi@slk-op1:~$ mpirun -hostfile hostfile hostname
slk-op1
slk-op3
slk-op3
slk-op3
slk-op2
slk-op2
slk-op4
slk-op4
slk-op4
slk-op4
</code>

接下来我们编译一个样例C代码hello_c.c（在OpenMPI源代码包的examples目录下）：
<code bash>
mpicc hello_c.c -o hello_c
</code>

编译生成的目标程序必须存在于每个参与运算的结点上。由于没有使用NFS等集中的管理方案，需要手工拷贝到其余结点上：
<code bash>
scp hello_c slk-op2:
scp hello_c slk-op3:
scp hello_c slk-op4:
</code>

现在可以运行了：
<code>
openmpi@slk-op1:~$ mpirun -hostfile hostfile -np 8 hello_c
Hello, world, I am 0 of 8
Hello, world, I am 5 of 8
Hello, world, I am 3 of 8
Hello, world, I am 4 of 8
Hello, world, I am 2 of 8
Hello, world, I am 1 of 8
Hello, world, I am 7 of 8
Hello, world, I am 6 of 8
</code>

==== Makefile ====

当程序越来越多时，每次都敲命令编译是很繁琐的事，可以用Make来管理。下面是一个Makefile样例：
<code make>
MPICC := mpicc
LDLIBS :=

TARGETS := hello_c

all: $(TARGETS)

hello_c: hello_c.o

.PHONY: all clean

%: %.o
        $(MPICC) -o $@ $^ $(LDLIBS)
        echo "cp $@ to slk-op2:"; \
        scp $@ slk-op2:;          \
        echo "cp $@ to slk-op3:"; \
        scp $@ slk-op3:;          \
        echo "cp $@ to slk-op4:"; \
        scp $@ slk-op4:

%.o: %.c
        $(MPICC) -Wall -g -c $<

clean:
        rm -rf $(TARGETS) *.o
</code>

编译的同时也完成了复制程序到其他结点的工作。

当结点数增多时，可以用for循环代替目前的逐条拷贝的方法。当然，那时，也许应该考虑集中的网络管理方案了。

{{tag>OpenMPI 并行计算}}