响水凹

本页面只读。您可以查看源文件，但不能更改它。如果您觉得这是系统错误，请联系管理员。
====== 分割序列矩阵fasta_split.pl ======

===== 矩阵格式 =====

要处理的FASTA序列矩阵格式如下（数据已处理过，非真实数据）：
<code>
>CPBOL076-11|JF952978|LiujqAB08|Abies squamata|matK
CGATCGTTGTCTCATGGATCTTTCCCTGATCAAACTCATTTTGATCGAAAGATCAAACATATTATCAGAAATTATCGTCG
AAATTCACTGAAAAGTATCTGGTCGTTGAAGGATCCTAGAATTCACTATGTTAGATATGCAGAAAGATCTATTATAGCTA
TAAAGGGTACTCATCTCCTAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCCAATTTTTCGGCAATTTTATTTCCATCTTTGGTCC
GAACCATATAGGGTATGTTCTCATCAATTATC

>CPBOL121-11|JF953012|Yangqe0222|Aconitum angustius|matK
GCCCCCTTTTTGCACTTATTGAGACTCTTTCTCTACGAGTATCATCATTGGAATATTCTTATTACTCAAAAAAATCAAAT
GAATTTCTTTTTTTCAAAAGAGAATCAAAGATTTTTTCTGTTCCTATATAATTTTCATGTATATGAATCGGAATCCATAT
TCGTTTTTCTCCGTAAACAATCTTCTCATTTACGATCAACATCCTCTAGAGCTTTTCTTGATCGAACAC
...
</code>

矩阵由多条序列数据组成，每条序列又由一行注释（以>开头），和后续的一行或多行数据构成。

===== 程序功能 =====

程序要做的：
  - 将序列分割出来，每条序列单独生成一个文件；
  - 文件以注释行的第三项（用|分隔）加固定前缀命名，新文件格式依旧是FASTA；
  - 同时输出文件名与注释行第三项、第二项的对应关系。

===== 代码简述 =====

临时更换行结束符，滤掉第一条序列前的所有字符：
<code perl>
$/ = ">"; <>; $/ = "\n";
</code>

获取注释行中的信息：
<code perl>
while (<>) {
    my $sample_id = "";
    my $genbank_no = "";
    my $seq = "";

    if (/^.+\|(.+)\|(.+)\|.+\|.+$/) {
        $sample_id = $2;
        $genbank_no = $1;
    } else {
        next;
    }
</code>

获取序列数据，并去掉所有多余字符。因序列数据可能有多行，所以需要再次临时更换行结束符：
<code perl>
    $/ = ">";
    $seq = <>;
    $/ = "\n";

    $seq =~ s/\r//g;
    $seq =~ s/\n//g;
    $seq =~ s/\s//g;
    $seq =~ s/-//g;
    $seq =~ s/~//g;
    $seq =~ s/>$//;
</code>

生成目标文件：
<code perl>
    my $new_sample_id = "CPBOL2010-" . $sample_id;

    my $filename = $new_sample_id . ".fasta";
    open OUTFILE, ">", $filename;
    print OUTFILE ">" . $new_sample_id . "\r\n";
    print OUTFILE $seq . "\r\n";
    close OUTFILE;
</code>

输出对应关系：
<code perl>
    print "$filename\t\t\t$new_sample_id\t$genbank_no\r\n";
</code>

继续处理下一条序列，直到结束：
<code perl>
}

exit 0;
</code>

完毕。


{{tag>Perl}}