目录

分割序列矩阵fasta_split.pl

矩阵格式

要处理的FASTA序列矩阵格式如下（数据已处理过，非真实数据）： 

>CPBOL076-11|JF952978|LiujqAB08|Abies squamata|matK
CGATCGTTGTCTCATGGATCTTTCCCTGATCAAACTCATTTTGATCGAAAGATCAAACATATTATCAGAAATTATCGTCG
AAATTCACTGAAAAGTATCTGGTCGTTGAAGGATCCTAGAATTCACTATGTTAGATATGCAGAAAGATCTATTATAGCTA
TAAAGGGTACTCATCTCCTAGTGAAAAAATGTAGATATCATCTTCCAATTTTTCGGCAATTTTATTTCCATCTTTGGTCC
GAACCATATAGGGTATGTTCTCATCAATTATC

>CPBOL121-11|JF953012|Yangqe0222|Aconitum angustius|matK
GCCCCCTTTTTGCACTTATTGAGACTCTTTCTCTACGAGTATCATCATTGGAATATTCTTATTACTCAAAAAAATCAAAT
GAATTTCTTTTTTTCAAAAGAGAATCAAAGATTTTTTCTGTTCCTATATAATTTTCATGTATATGAATCGGAATCCATAT
TCGTTTTTCTCCGTAAACAATCTTCTCATTTACGATCAACATCCTCTAGAGCTTTTCTTGATCGAACAC
...

矩阵由多条序列数据组成，每条序列又由一行注释（以>开头），和后续的一行或多行数据构成。

程序功能

程序要做的：

  1. 将序列分割出来，每条序列单独生成一个文件；
  2. 文件以注释行的第三项（用|分隔）加固定前缀命名，新文件格式依旧是FASTA；
  3. 同时输出文件名与注释行第三项、第二项的对应关系。

代码简述

临时更换行结束符，滤掉第一条序列前的所有字符： 

$/ = ">"; <>; $/ = "\n";

获取注释行中的信息： 

while (<>) {
    my $sample_id = "";
    my $genbank_no = "";
    my $seq = "";
 
    if (/^.+\|(.+)\|(.+)\|.+\|.+$/) {
        $sample_id = $2;
        $genbank_no = $1;
    } else {
        next;
    }

获取序列数据，并去掉所有多余字符。因序列数据可能有多行，所以需要再次临时更换行结束符： 

    $/ = ">";
    $seq = <>;
    $/ = "\n";
 
    $seq =~ s/\r//g;
    $seq =~ s/\n//g;
    $seq =~ s/\s//g;
    $seq =~ s/-//g;
    $seq =~ s/~//g;
    $seq =~ s/>$//;

生成目标文件： 

    my $new_sample_id = "CPBOL2010-" . $sample_id;
 
    my $filename = $new_sample_id . ".fasta";
    open OUTFILE, ">", $filename;
    print OUTFILE ">" . $new_sample_id . "\r\n";
    print OUTFILE $seq . "\r\n";
    close OUTFILE;

输出对应关系： 

    print "$filename\t\t\t$new_sample_id\t$genbank_no\r\n";

继续处理下一条序列，直到结束： 

}
 
exit 0;

完毕。